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多肽的純度通常是通過HPLC，用每分鐘1%的標準乙腈梯度來檢測決定的。合成過程中，氨基酸之間的交聯效率不是總能達到100%，因而產生一系列的氨基酸缺失的雜志。大多數這樣的氨基酸缺失的雜質在純化過程中都會被去掉了，但有少數的雜質其色譜表現與目標多肽很相近。這些氨基酸缺失的雜質肽留在了多肽樣品中就構成了余下的幾個百分點。
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