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  多肽分子通常分子量較大，空間結構復雜，結構中形成二硫鍵時要求兩個半胱氨酸在空間距離上接近。此外，多肽結構中還原態的巰基化學性質活潑，容易發生其他的副反應，而且肽鏈上其他側鏈也可能會發生一系列修飾，因此，肽鏈進行修飾所選取的氧化劑和氧化條件是反應的關鍵因素，反應機理也比較復雜，既可能是自由基反應，也可能是離子反應。

    多肽的二硫鍵修飾中，分子內或者分子間一對二硫鍵的合成通常比較容易，反應條件有多種選擇，比如空氣氧化，DMSO氧化等溫和的氧化過程，也可以采用H2O2，I2，汞鹽等激烈的反應條件，反應產物也比較容易純化分離，得到較高的純度和產率。 空氣氧化法形成二硫鍵是多肽合成中最經典的方法，并且在早期的研究中取得了較好的結果。采用空氣氧化法通常是將巰基處于還原態的多肽溶于水中，在近中性或弱堿性條件下（PH值6.5～10），反應24小時以上。為了降低分子之間二硫鍵形成的可能，該方法通常需要在低濃度條件下進行。

   碘氧化法在多肽合成中應用同樣廣泛，一般將多肽溶于25%的甲醇水溶液或30%的醋酸水溶液中，逐滴滴加10～15mol/L的碘進行氧化，反應15～40min。當肽鏈中含有對碘比較敏感的Tyr、Trp、Met和His的殘基時，氧化條件要控制的更精確，氧化完后，立即加入維生素C或硫代硫酸鈉除去過量的碘。

   當一條肽鏈上需要形成兩對或兩對以上的二硫鍵時，反應過程就變得相對復雜。在固相合成多肽之前，需要提前設計幾對二硫鍵形成的順序和方法路線，選擇不同的側鏈巰基保護基，利用其性質差異，分步氧化形成兩對或多對二硫鍵。通常采用的巰基保護基有trt, Acm, Mmt, tBu, Bzl, Mob, Tmob等多種基團